BM Môi trường và Quản lý Tài nguyên Thiên nhiên (Khoa Nông nghiệp và Sinh học Ứng dụng) được thành lập vào năm 1996. Đến năm 2008, Khoa MT&TNTN được thành lập, BM được chuyển từ Khoa Nông nghiệp và Sinh học Ứng dụng về Khoa MT&TNTN và đổi tên thành Bộ môn Khoa học Môi trường (KHMT) Năm 2001 BM bắt đầu đào tạo bậc học Thạc sĩ và năm 2010, BM bắt đầu đào tạo bậc Tiến sĩ chuyên ngành Môi trường Đất và Nước.
Bộ môn được thành lập nhằm đáp ứng nhu cầu nghiên cứu và giáo dục môi trường ở ĐBSCL, tham gia nghiên cứu việc quản lý và sử dụng hợp lý, bền vững nguồn tài nguyên thiên nhiên. Bộ môn có chức năng đào tạo kỹ sư ngành Khoa học Môi trường hệ đại học chính quy, thạc sỹ ngành Khoa học Môi trường và Tiến sỹ ngành Môi trường Đất và Nước. Ngành KHMT với thế mạnh là nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ, ứng dụng khoa học vào giải quyết các vấn đề môi trường nhằm tìm ra những giải pháp giảm thiểu và xử lý ô nhiễm, đóng góp vào công tác quản lý và bảo vệ môi trường. Hằng năm, BM đã đào tạo hàng trăm kỹ sư môi trường phục vụ trong các cơ quan quản lý nhà nước về môi trường, các công ty tư vấn môi trường và vận hành các hệ thống xử lý trong các nhà máy, xí nghiệp và khu chế xuất… ở vùng Tây và Đông Nam bộ.

Ngành Khoa Học Môi Trường là một trong những đơn vị đầu tiền đào tạo kỹ sư môi trường ở vùng đồng bằng sông Cữu Long. Cho đến nay ngành KHMT đã không ngừng phát triển và tổ chức đào tạo đủ ba bậc: Đại học, Thạc Sĩ, Tiến Sĩ. Qua hơn 25 năm hình thành và phát triển, ngành Khoa Học Môi Trường của Trường Đại Học Cần Thơ đã đào tạo hơn 1000 Kỹ sư, 300 Thạc sĩ và hơn 20 Tiến sĩ cho vùng ĐBSCL.